1946. március 21-én született Budapesten és huszonkétéves koráig szülővárosában Sugár Rezső, Gergely Ferenc, Ferenczi György, Szervánszky Endre és Farkas Ferenc növendékeként folytatta tanulmányait.
1968 óta Németországban él, neve időközben világszerte koncertező orgonaművészként és zeneszerzőként vált ismertté.
1979-ben Bajor Állami Díjat kapott; 1980 óta Würzburgban a Zeneművészeti Főiskola professzora. Sokrétű tevékenységét hanglemez- és rádiófelvételek, zeneelméleti tanulmányok, könyvek és európai, illetve amerikai főiskolákon tartott mesterkurzusai és vendégelőadásai is dokumentálják. Orgona- és kórusműveinek jónéhánya már a nemzetközi egyházzenei repertoár közismert darabjává lett.
A Debreceni Református Hittudományi Egyetem Gárdonyi Zsoltot 2000 júniusában díszdoktori címmel tüntette ki.